Podemos considerar que os primeiros colonos das Lagoas Ruidera datam do período do Paleolítico Inferior. Durante o resto da pré-história, há também evidências do assentamento nos arredores de Ruidera.

Embora seja na Idade do Bronze, quando restos visíveis aparecem motillas e amoras, espalhadas por todo o Alto Guadiana.

Desde a era romana, há também um grande número de locais, vilas, casas isoladas, destacando uma estrada romana que percorria longitudinalmente as lagoas.

Os castelos de Peñarroya e RochaFrida são de origem árabe (séculos X-XII).

Entre 1213 e 1217, Ruidera passa a mãos cristãs e as ordens militares de San Juan e Santiago administram o território das lagoas.

É no século XVII, durante o reinado de Carlos III, quando a região experimenta um boom importante. Ainda existem alguns edifícios, como a casa do administrador da fábrica de pólvora e o canal Grand Prior, entre outros.

Em 13 de julho de 1979, Ruidera é declarado Parque Natural.