Podemos considerar que los primeros pobladores de las Lagunas de Ruidera se remontan al periodo del Paleolítico Inferior. Durante el resto de la Prehistoria, también hay constancia del poblamiento en el entorno de Ruidera.

Aunque es en la Edad de Bronce, cuando aparecen restos visibles, motillas y morras, repartidos por todo el Alto Guadiana.

De la época romana también existen un gran número de yacimientos, villas, casas aisladas, destacando una vía romana que recorría longitudinalmente las lagunas.

Son de origen árabe los castillos de Peñarroya y RochaFrida (siglos X-XII).

Entre los años 1213 y 1217 Ruidera pasa a manos cristianas y las órdenes militares de San Juan y Santiago administran el territorio de las lagunas.

Es en el siglo XVII durante el reinado de Carlos III cuando la zona experimenta un auge importante. Todavía permanecen en pie algunos edificios, como la casa del administrador de la fábrica de la pólvora y el canal del Gran Prior, entre otros.

El 13 de julio de 1979, Ruidera es declarada Parque Natural.