Wir können davon ausgehen, dass die ersten Siedler der Lagunas de Ruidera bis in die Zeit des Paläolithikums zurückreichen. Während der restlichen Vorgeschichte gibt es auch Aufzeichnungen über die Siedlung in der Umgebung von Ruidera.

Obwohl es in der Bronzezeit ist, gibt es sichtbare Überreste, Motillas und Morras, die in ganz Alto Guadiana verstreut sind.

Aus römischer Zeit gibt es auch eine große Anzahl von Stätten, Villen, isolierte Häuser und eine römische Straße, die entlang der Lagunen verlief.

Die Burgen von Peñarroya und RochaFrida (X-XII Jahrhundert) sind arabischen Ursprungs.

Zwischen 1213 und 1217 ging Ruidera in christliche Hände über und die militärischen Anordnungen von San Juan und Santiago verwalteten das Territorium der Lagunen.

Es war im siebzehnten Jahrhundert während der Regierungszeit von Carlos III, als das Gebiet einen wichtigen Aufschwung erlebte. Einige Gebäude stehen noch, wie das Haus des Verwalters der Schießpulverfabrik und des Grand Prior-Kanals.

Am 13. Juli 1979 wird Ruidera zum Naturpark erklärt.