Podemos considerar que os primeiros poboadores das Lagoas Ruidera remóntanse ao período do Paleolítico inferior. Durante o resto da Prehistoria tamén hai probas do asentamento na contorna de Ruidera.

Aínda que é na Idade do Bronce, cando restos visibles aparecen motillas e amoras esparcidas polo Alto Guadiana.

Da época romana hai tamén unha gran cantidade de xacementos, vilas, casas illadas, destacando unha vía romana que circulaba lonxitudinalmente polas lagoas.

Os castelos de Peñarroya e RochaFrida son de orixe árabe (séculos X-XII).

Entre 1213 e 1217 Ruidera pasa a mans cristiás e as ordes militares de San Juan e Santiago administran o territorio das lagoas.

É no século XVII durante o reinado de Carlos III cando a zona experimenta un importante auxe. Aínda hai algúns edificios en pé, como a casa do administrador da fábrica de pólvora e a canle Grand Prior, entre outros.

O 13 de xullo de 1979, Ruidera é declarado parque natural.