Vi kan vurdere at de første bosetterne i Lagunas de Ruidera går tilbake til Nedre Paleolithic-perioden. Under resten av forhistorien er det også oversikt over bosetningen i omgivelsene til Ruidera.

Selv om det er i bronsealderen, når det er synlige rester, motillas og morras, spredt over Alto Guadiana.

Fra romertiden er det også et stort antall steder, villaer, isolerte hus, fremhever en romersk vei som løp langs lagunene.

Slottene Peñarroya og RochaFrida (X-XII århundrer) er av arabisk opprinnelse.

Mellom 1213 og 1217 gikk Ruidera inn i kristne hender, og de militære ordenene i San Juan og Santiago administrerte lagunenes territorium.

Det er i det syttende århundre under styret av Carlos III da området opplevde en viktig bom. Noen bygninger står fremdeles, som for eksempel styrmannen til krypefabrikken og Grand Prior-kanalen, blant annet.

Den 13. juli 1979 er Ruidera erklært en naturpark.