Nous pouvons considérer que les premiers habitants des Lagunas de Ruidera remontent à la période du paléolithique inférieur. Pendant le reste de la préhistoire, il est également fait mention de la colonisation dans les environs de Ruidera.

Bien que ce soit à l'âge du bronze, il y a des restes visibles, motillas et morras, dispersés dans tout Alto Guadiana.

Depuis l'époque romaine, il existe également un grand nombre de sites, villas, maisons isolées, soulignant une voie romaine longeant les lagunes.

Les châteaux de Peñarroya et RochaFrida (X-XIIe siècles) sont d'origine arabe.

Entre 1213 et 1217, Ruidera passa aux mains des chrétiens et les ordres militaires de San Juan et de Santiago administraient le territoire des lagons.

C'est au XVIIe siècle, sous le règne de Carlos III, que la région connut un essor important. Certains bâtiments sont encore debout, comme la maison de l'administrateur de l'usine de poudre à canon et du canal du Grand Prior, entre autres.

Le 13 juillet 1979, Ruidera est déclaré parc naturel.